Основными задачами научной деятельности института являются рациональное использование ресурсного потенциала естественных водоемов, повышение их продуктивности, развитие озерного, прудового и индустриального рыбоводства, изучение негативного влияния хозяйственной деятельности на биоресурсы водоемов.
Работы выполняются как в рамках госзадания, так и по приносящей доход деятельности.