В состав «ЗапСибНИРО» в настоящее время входят 4 структурных подразделения:

  • лаборатория ихтиологии (заведующий – к.с.-х.н. В. Ф. Зайцев),
  • лаборатория сырьевых исследований (заведующий – В. В. Сусляев),
  • лаборатория аквакультуры (заведующий – Д. Л. Сукнев),
  • группа расчета ущербов (руководитель – С. Е. Байльдинов).

В свою очередь, в состав лабораторий входят сектор сводного прогноза, группа гидробиологии, группа мониторинга ВБР Кузбасса.

В настоящее время в институте работают 2 доктора наук, 8 кандидатов.