В состав «ЗапСибНИРО» в настоящее время входят 4 структурных подразделения:
- Лаборатория ихтиологии (заведующий – канд. с.-х. наук. В. Ф. Зайцев), в состав лаборатории входит группа мониторинга ВБР Томской области;
- Лаборатория аквакультуры (заведующий – Д. Л. Сукнев), в состав лаборатории входят: группа гидробиологии, группа мониторинга ВБР Кузбасса;
- Сектор сводного прогноза (руководитель – канд. биол. наук. М. В. Селезнева);
- Группа расчета ущербов (руководитель – С. Е. Байльдинов).
В институте работают 2 доктора наук и 6 кандидатов наук.