В состав «ЗапСибНИРО» в настоящее время входят 4 структурных подразделения:
- лаборатория ихтиологии (заведующий – канд. с.-х. наук. В. Ф. Зайцев),
- сектор сводного прогноза (руководитель – канд. биол. наук. М. В. Селезнева),
- лаборатория аквакультуры (заведующий – Д. Л. Сукнев),
- группа расчета ущербов (руководитель – С. Е. Байльдинов).
В свою очередь, в состав лабораторий входят группа гидробиологии, группа мониторинга ВБР Кузбасса и группа мониторинга ВБР Томской области
В настоящее время в институте работают 2 доктора наук, 8 кандидатов.