Новосибирский филиал ФГБНУ «ВНИРО» осуществляет исследовательскую деятельность на территории четырёх субъектов Российской Федерации: Новосибирской, Томской, Омской и Кемеровской областей. Деятельность охватывает основные рыбопромысловые водные объекты.
Научная деятельность института направлена на сбор и анализ данных, необходимых для достижения главной цели — эффективное управление водными биологическими ресурсами и их устойчивое использование.
В Новосибирской области научные сотрудники института проводят исследования на акватории Новосибирского водохранилища, изучают состояние водных биоресурсов реки Обь. Особое внимание уделяется крупнейшим озёрам региона – Чаны и Сартлан, а также многочисленным мелким озёрам области, представляющим значительный рыбохозяйственный интерес.
В Томской области институт осуществляет деятельность по мониторингу состояния водных биоресурсов рек Обь и Чулым и их притоков, а также прочих озер области.
Кемеровская область представлена в зоне научных интересов института рекой Томь с её многочисленными притоками, а также водохранилищами и мелкими озерами области.
В Омской области основное внимание уделяется реке Иртыш – главной водной артерии региона, а также такие крупные водоёмы как озёра Салтаим-Тенис и Ик. Проводится мониторинг состояния водных биоресурсов и на более мелких озёрах области.
